藏傳佛教的分化和宗派的行成發(fā)展是一個漫長而復(fù)雜的歷史過程。經(jīng)歷了前弘期的基礎(chǔ)奠定、滅佛后的復(fù)興（后弘期）、各大教派的形成與發(fā)展，在千余年發(fā)展歷程中形成了紅、花、白、黃四大主流宗派及若干支派。各派在教義傳承、修行重點和政教角色上獨具特色，充滿著與政治權(quán)力的交織互動。
公元7世紀 - 9世紀中葉，佛教從尼泊爾（赤尊公主）和唐朝（文成公主）傳入吐蕃，但尚未形成系統(tǒng)教義和僧伽組織，與本土苯教并存。這一時期被稱為“前弘期”或松贊干布時期。
公元8世紀）寂護（靜命）入藏引入印度中觀派顯宗教義；蓮花生入藏引入密宗，降伏（更可能是吸納和改造）苯（薩滿）教神靈，使其成為佛教護法，大大促進了佛教本土化。這一時期，建立了第一座具備佛、法、僧三寶的寺院——桑耶寺。首批七位藏人（“七覺士”）出家，建立了僧伽制度。這一時期，被稱為赤松德贊時期，是藏傳佛教在西藏確立的時期。這一時期，佛教與苯教發(fā)生激烈沖突，被稱為“佛苯之爭”，為后弘期的教派分化埋下了伏筆。最終使得佛教在王室支持下占據(jù)主導，為后來的“政教合一”打下了基礎(chǔ)。赤松德贊時期是佛教在藏地扎根的關(guān)鍵。到赤祖德贊（號“熱巴巾”）時期，大力推崇佛教，廣建寺廟，完善譯經(jīng)制度（統(tǒng)一譯語），優(yōu)待僧人（規(guī)定七戶養(yǎng)一僧），佛教在王室推動下達到鼎盛。
公元838-842年赤祖德贊的弟弟朗達瑪即位后，在反佛貴族和苯教勢力的支持下，發(fā)動了大規(guī)模的滅佛運動：摧毀寺廟、焚燒經(jīng)典、迫害僧人。前弘期結(jié)束，藏地佛教在核心區(qū)域（衛(wèi)藏）陷入長達百余年的沉寂。
一直到10世紀下半葉，佛教才開始在藏區(qū)復(fù)興與分化，被稱之為“后弘期”。這一時期才是藏傳佛教各大宗派形成于發(fā)展的時期。
由從西藏逃往安多的僧人貢巴饒賽等“三賢哲”點燃火種。他們?yōu)閬碜孕l(wèi)藏的盧梅·楚臣喜饒等“衛(wèi)藏十人”授戒。盧梅等人返回衛(wèi)藏，重建寺廟（如桑耶寺、噶迥寺），復(fù)興戒律傳承。這一支被稱為“下路弘法”或“下路（多康）復(fù)興”。“多康地區(qū)，指今西藏東部、青海西南部、四川西部?！岸嗫怠笔遣厝藢Π捕?、康區(qū)的合稱。
上路（阿里地區(qū)），吐蕃王室后裔在阿里建立古格王朝。國王益西沃派人前往印度學習佛法，其中最著名的是仁欽桑布（大譯師）。他翻譯了大量顯密經(jīng)典（尤其是密續(xù)），修建托林寺，被稱為“后弘期開山祖師”。
1042年應(yīng)古格國王之邀，印度超戒寺高僧阿底峽入藏弘法。他撰寫了《菩提道燈論》，強調(diào)修行次第（先顯后密、顯密結(jié)合），整頓僧伽戒律，調(diào)和不同教法，對后弘期各派產(chǎn)生了深遠影響。他在衛(wèi)藏地區(qū)的傳教活動中，其弟子仲敦巴于1056年創(chuàng)立了噶當派。目前，在三大藏區(qū)并立的教派為
一是“寧瑪派”（紅教），亦稱 “古老派”。聲稱直接傳承自蓮花生大師的前弘期密法，是最古老的教派。重視“伏藏”（埋藏后重新發(fā)掘的經(jīng)典和法門），教法體系龐雜，以“大圓滿法”為最高修行法門。組織相對松散，早期以在家瑜伽士傳承為主，后也建立寺院（如多吉扎寺、敏珠林寺）。這一派形成的標志為“三素爾”（素爾波且、素爾窮、濯浦巴）系統(tǒng)整理寧瑪教法并建立寺院（11世紀）。隆欽饒絳巴（14世紀）是集大成者，著《七寶藏論》。
此宗派具有特殊的僧俗形態(tài)：寺院僧人（“扎巴”）可娶妻（非必須），在家修行者（“俄巴”）占重要地位。標志寺院為多吉扎寺（前藏）、敏珠林寺（后藏）、噶陀寺（四川）。
二是“薩迦派”（花教）。起源于 由貢卻杰布于1073年在薩迦地方建薩迦寺創(chuàng)立。特點是家族傳承（昆氏家族），政教合一特征明顯。以“道果法”為核心教法。寺院標志是圍墻涂象征文殊、觀音、金剛手菩薩的紅、白、灰三色條紋。其關(guān)鍵人物薩迦班智達·貢噶堅贊（薩班）學識淵博，1247年與蒙古闊端汗會晤（涼州會盟），使西藏歸附蒙古（元朝）。其侄八思巴被忽必烈尊為帝師，創(chuàng)制蒙古新字（八思巴文），統(tǒng)領(lǐng)元朝全國佛教事務(wù)和西藏政教，使薩迦派達到鼎盛，成為西藏地方政權(quán)的代表。
“噶舉派”（白教）亦稱 “口傳派”。起源于強調(diào)上師口耳相傳的密法竅訣。有兩個主要傳承：其一“香巴噶舉” 由瓊波南交創(chuàng)立，后逐漸式微。其二為“達波噶舉”由瑪爾巴（譯師，曾赴印度學法）、米拉日巴（苦修瑜伽士，著名道歌作者）、達波拉杰（整合瑪爾巴密法與阿底峽道次第）創(chuàng)立。其特點為支系繁多（有“四大八小”之說），重視實修（如那洛六法、大手印），多采用活佛轉(zhuǎn)世制度。
主要支派有噶瑪噶舉：最早采用活佛轉(zhuǎn)世（噶瑪巴世系），影響力大，與元、明、清朝廷均有聯(lián)系；帕竹噶舉：由帕木竹巴·多吉杰布創(chuàng)立，又有多個分支，也頗具影響。其朗氏家族**建立的帕竹政權(quán)（14-17世紀）曾取代薩迦派統(tǒng)治西藏；還有蔡巴噶舉、拔絨噶舉等。
“噶當派”，由阿底峽的弟子仲敦巴于1056年建熱振寺創(chuàng)立。特點是重視阿底峽《菩提道燈論》的修行次第，強調(diào)戒律和顯教基礎(chǔ)，學風嚴謹。是后弘期早期最具影響力的教派之一，為后來格魯派的興起奠定了思想和組織基礎(chǔ)。后來分為教典派（重經(jīng)典學習）、教授派（重師長口授）、教誡派（重修行次第）。15世紀，其教義和寺院大部分被新興的格魯派吸收融合。
改派修行突出特征苦行傳統(tǒng)。其祖師瑪爾巴、米拉日巴以苦修聞名。標志寺院為楚布寺（噶瑪噶舉主寺）、丹薩替寺（帕竹噶舉祖庭）。
其次，“覺囊派”的特點是以“他空見”為核心教義（認為事物本質(zhì)“如來藏”是恒常實在的，空的是覆蓋其上的虛妄分別），與主流藏傳佛教的“自空見”（緣起性空）不同。因教義獨特，在17世紀后被五世達賴視為異端而壓制，主要在川青藏交界處流傳。
還有“希解派”、“覺域派”等，由印度僧人帕當巴桑杰傳入，注重苦行和斷除我執(zhí)，主要在民間流傳，后逐漸融入其他教派或消失。
最后，就是“格魯派”（黃教）亦稱 “善規(guī)派”：起源于15世紀初，由宗喀巴大師（羅桑扎巴）發(fā)起宗教改革創(chuàng)立。主要針對當時各派戒律松弛、顯密脫節(jié)、追逐世俗權(quán)力等問題。
1409年，宗喀巴在拉薩發(fā)起傳召大法會，并建甘丹寺，標志著格魯派正式形成。隨后建哲蚌寺、色拉寺（拉薩三大寺），扎什倫布寺（后藏）。
宗喀巴大師改革的核心其一是強調(diào)戒律、顯密并重，先顯后密，建立嚴謹?shù)膶W經(jīng)制度（五部大論），強調(diào)顯教是密教基礎(chǔ)。其二，整頓僧伽：要求僧人獨身、常住寺院、脫離農(nóng)事。
格魯派的教義為繼承發(fā)揚阿底峽、仲敦巴的噶當派教法，融合各派精華，以龍樹中觀應(yīng)成派見地為究竟。
格魯派還建立了“活佛轉(zhuǎn)世”制度。為解決領(lǐng)袖繼承問題，采用并完善了達賴喇嘛（始于根敦珠巴，根敦嘉措被追認為二世）和班禪額爾德尼（始于四世班禪羅桑卻吉堅贊）兩大活佛系統(tǒng)。
憑借嚴謹?shù)膶W修體系和強大的組織能力，格魯派迅速壯大。17世紀中葉，在蒙古固始汗的軍事支持下，五世達賴阿旺羅桑嘉措建立甘丹頗章政權(quán)，從此，格魯派成為西藏占統(tǒng)治地位的政教力量，延續(xù)至今。
格魯派“三大寺”為甘丹寺（祖庭）、哲蚌寺、色拉寺（拉薩）。標志特征為黃色桃形僧帽，嚴格戒律（不娶妻、不飲酒）。
多種資料顯示，宗教分化的主要社會原因有：一是地理隔絕：復(fù)興運動在不同地區(qū)（多康、阿里、衛(wèi)藏）獨立進行；二是師承源流不同：不同的傳承體系（如盧梅系、阿底峽-噶當系）開始形成；三是修行方式與側(cè)重不同：有的重視戒律和顯教（如早期噶當），有的更側(cè)重密法實踐（如仁欽桑布傳承）；四是本土化的深入：佛教更深地融入藏地社會文化，吸收苯教（薩滿教）元素，形成獨特的藏傳佛教特質(zhì)。
當代，藏傳佛教的發(fā)展格局為格魯派在西藏地區(qū)占據(jù)主導地位，寧瑪派、薩迦派、噶舉派（尤其是噶瑪噶舉）在西藏、青海、四川、云南、甘肅等藏區(qū)以及不丹、尼泊爾、印度等地繼續(xù)流傳，并擁有重要影響力。噶舉派支系眾多，分布廣泛。覺囊派主要在川青藏交界地區(qū)局部流傳。各派在流亡社區(qū)（如印度達蘭薩拉）和全球范圍內(nèi)也有傳播和發(fā)展。
總之，藏傳佛教的形成、分化并非一蹴而就，而是經(jīng)歷了前弘期的統(tǒng)一奠基、朗達瑪滅佛后的中斷、后弘期在不同地域和師承下的多元化復(fù)興，最終在11至15世紀間，由于教義詮釋、修行方法、師承體系、組織制度以及與地方政治勢力結(jié)合方式的差異，逐步形成了以寧瑪、薩迦、噶舉、格魯四大派為主，輔以其他較小派別或已融入大派之中的豐富格局。這一過程深刻反映了佛教在西藏高原獨特的自然、社會、政治、文化環(huán)境中本土化、多元化發(fā)展的歷史軌跡。格魯派在17世紀中葉后確立的統(tǒng)治地位，塑造了近現(xiàn)代藏傳佛教的基本面貌。
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